La métagénétique à portée des filières fromagères

La métagénétique ou métabarcoding ADN : qu’est-ce que c’est ?

Le métabarcoding ADN, ou séquençage massif d’amplicons, permet de décrire avec précision la composition des communautés microbiennes. Il désigne le séquençage d’un gène particulier commun à plusieurs espèces d’une communauté microbienne.

Cette technique repose sur des étapes clés : extraction de l’ADN, amplification ciblée par PCR avec des amorces spécifiques, marquage des produits PCR par des barcodes uniques et séquençage simultané des échantillons. Les données obtenues sont triées et assignées à des taxons grâce à des bases de référence, offrant une vision détaillée et précise des écosystèmes microbiens.

Un guide pratique pour les filières fromagères

Ce guide fournit des recommandations concrètes pour mener à bien une expérience de métabarcoding ADN, en couvrant toutes les étapes clés : de la préparation des échantillons à l'analyse bioinformatique et statistique des données.

Conçu pour démocratiser l’accès aux approches omiques dans le secteur fromager, ce document constitue une ressource pratique et accessible. Il accompagne les professionnels dans la mise en œuvre d’expériences de métabarcoding ADN, leur permettant d’exploiter pleinement le potentiel de ces technologies. En adoptant ces outils, les acteurs des filières pourront mieux valoriser leurs produits et approfondir leur compréhension des écosystèmes microbiens associés.

Une initiative collaborative pour le secteur laitier

Réalisé dans le cadre du projet ADAMOS (CASDAR 2019-2023), ce guide a été conçu grâce à une collaboration étroite entre partenaires académiques et techniques, sous la coordination d’Éric Dugat-Bony (INRAE). Sa rédaction a mobilisé les contributions de notre plateforme, en particulier notre spécialiste en biologie moléculaire Christine Achilleos, ainsi que de nombreux organismes partenaires.

Pour consulter le guide : https://www.rmtfromagesdeterroirs.com/projets-de-r-et-d/adamos/

Le projet ADAMOS a été soutenu financièrement par le Ministère de l'Agriculture, de la Souveraineté alimentaire et de la Forêt (CASDAR) ainsi que par les conseils départementaux de Savoie et de Haute-Savoie dans le cadre du Plan filière lait cru.

Contact :

• Éric Dugat-Bony (INRAE) : eric.dugat-bony@inrae.fr
• Blandine Polturat (CERAQ) : blandine.polturat@ceraq.fr
• Christine Achilleos (INRAE) : christine.achilleos@inrae.fr